La carpeta "$Recycle.Bin" es simplemente la carpeta de almacenamiento de la papelera de reciclaje. Se puede borrar tranquilamente pulsando SHIFT+DEL (Para eliminar el objeto sin pasar por la papelera de reciclaje) ya que Windows la vuelve a regenerar en el momento que vuelvas a borrar algo hacia la papelera de reciclaje. Es cierto que la suelen usar mucho los virus para ocultarse pero no siempre es así; si bien también es cierto que Windows no suele crear la papelera de en los pendrives por lo que puede ser sospechoso. Si crees que pueda ser un virus, la borras y punto; es completamente seguro.
La carpeta "System Volume Information" contiene los datos de las copias de seguridad de Restaurar Sistema. En unidades FAT32 puedes acceder para ver su contenido y ver lo que ocupa, pero en unidades NTFS, al usar un sistema de permisos, windows no te permite ni modificar, ni ver el contenido, ni las propiedades (de ahí que te diga que ocupa 0 bytes). Esta carpeta es más complicado para eliminar ya que, si no tienes permisos de SYSTEM, no puedes borrarla. Sin embargo, puedes asegurarte que la carpeta está vacía si te vas a Equipo > Configuración avanzada > Pestaña Protección del sistema y desactivas Restaurar Sistema para esa unidad.