En mi caso, yo lo separo por la plataforma arcade en sí, por un lado tengo las placas más significativas aparte cada una con su submenú propio y luego un submenú para el resto de juegos emulados en mame. Me gusta más el orden así, la gracia de Hyperspin es hacerte tu máquina a tu gusto. De todos modos, luego hay plataformas que bajo mi punto de vista se emulan mejor en su emulador específico, como los juegos de Zinc, o luego por ejemplo los juegos de Namco System 22, que aunque los tengo dentro del submenú de mame y creo que Mame también lo emula, yo lo emulo con el Viva nonno, ya que me van mucho más fluidos en mi caso.
Por cierto, respecto al PC2Jamma, no es muy complicado, hasta yo lo hice funcionar, así que imagínate. Y aunque seguramente lo sabrás, haz uso de programas como el JoyToKey para sacarle provecho al Jamma al máximo, con él yo tengo configurado el volumen o un botón que emula el tabulador para configurar los controles del mame.