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Algo así ya se hizo: el Minimig v1.1, la placa Minimig orginal, es una reimplementación del Amiga que usa un 68000 de Freescale (efectivamente aún se fabrican) y luego el chipset OCS/ECS iba en una FPGA. Fue el primer campanazo de las FPGAs en occidente, aunque ya se habían usado mucho en los clones dopados rusos de ZX Spectrum. Pero sí, llevaba un 68000 "de carne y hueso", con alguna diferencia sin importancia que no afectaba, que yo sepa, al funcionamiento del Amiga.
Luego las distintas implementaciones de máquinas basadas en 68000 venían usando una implementación del mismo con la que bueno, las cosas iban más o menos bien, pero parece ser que no era exacta.
Hoy en día, sin embargo, tenemos el FX68K, que es el corazón de las implementaciones electrónicas libres de NeoGeo y MegaDrive, y de dos recreaciones exactas del Atari ST (una de las cuales es nueva y libre también).
Resumiendo, a día de hoy usar un 68000 físico no tiene mucho sentido desde que tenemos el FX68K: es más fácil meter el FX68K en la FPGA que un 68000, y electrónicamente es lo mismo. Ya no digamos en las máquinas reimplementadas: como es exactamente la misma lógica digital, no hay diferencia y tenerlo en la FPGA seguramente simplifica los disenios.