A ver..
No tengo el G6, pero creo que és, junto con el EZ y el M3 (el M3 y el G6 son de la misma compañia), el que mejor va con GBA. Creo que incluso tiene reloj interno para algunos juegos de GBA (Pokemon), como el M3. Lo malo de este Flash, como bien dices, es que utiliza memoria interna no ampliable. Pero, si tienes suficiente con 512 mbytes, supongo que te ira genial.
El G6 Lite es para que no sobresalga en la NDS lite. Desconozco si tiene menos memoria que el de la tocha.
El parchéo, en el caso del M3, no es nada complicado. El M3 trae un programa que es muy intuitivo; Tan solo pones tus Backups descomprimidas en el PC, seleccionas el directorio de tu tarjeta de memoria y de tus Backups desde el programa y el mismo se encarga de parchearlos y grabarlos en la tarjeta con las opciones que hayas marcado en la ventana de parchéo.
El programa de parchéo (M3 Game manager), al igual que el propio M3, lo puedes ir actualizando a través de su pagina Web.
El Passcard es solo una tarjeta que se introduce en el Slot DS y te permite cargar Backups de DS desde el Slot GBA. Las de GBA las puedes cargar sin Passcard, ya que cargan desde su Slot natural. Aquí, al menos en el caso del Superkey, no tienes que configurar ni actualizar nada. Es solo meter el Passcard y listo.