Si quieres usar el USBLoader para cargar los juegos con un HDD por USB y quieres actualizar la consola a la versión 4.0, lo mejor es que lo hagas usando la versión 4.0 modificada por wanin, que evita las protecciones que te encuentras en la oficial para poder usar aplicaciones homebrew.
Lo normal de momento es coger alguna versión que te guste entre la 3.1 y la 3.3 para poder tener sin problemas tanto las aplicaciones homebrew como poder jugar a los backups.