Las QD son muy pijas con las tarjetas de memoria.
La primera QD que tuve (me pillé sólo la consola suelta) me hacía exactamente lo mismo con mi tarjeta PQI de 128MB: de vez en cuando te dice que has sacado la tarjeta, blablabla y luego hace como si la hubieras vuelto a meter. Pensé que era un problema de la consola y la devolví.
La segunda QD (la que tengo ahora) es del pack de Barakel. Hace lo mismo con las DOS tarjetas (la PQI y la que viene incluida en el pack, manda huevos), las escupe cuando quiere. No hace falta que estés haciendo nada para que falle, yo la tenía delante de mí, en la mesa, no tenía ningún programa abierto y de repente *bip!* "Para retirar la tarjeta de memoria..." etc etc.
¿Solución? Comprar una memory card de "pata negra". Yo pillé una SanDisk RS-MMC de 256MB por 35 euros y hasta ahora no ha vuelto a dar ningún problema.