Hay aplicaciones que aceptan USB y otras que no, asi que depende de lo que uses necesitarás una SD o no. Por otra parte, hay aplicaciones que te dejan gestionar la SD como WiiXplorer sin necesidad de PC y hay aplicaciones que te permiten pasar cosas del PC a la SD (en la Wii), con lo que no necesitarás el lector SD para PC, eso si, con conexión a internet, claro.
En general, tanto HBC, como WiiMC como los USB Loaders funcionan cargandolos desde un HDD, sin necesidad de SD (aunque yo prefiero usar la SD para las aplicaciones.