Solucion facil y simple.
Si lo unico a modificar es el EXE que lanza el juego...
Hazte un backup del exe original del juego en version steam y de la version modificada tal que asi:
pirata.exe versionsteam.exe o algo asi...
Create un fichero bat que lo que haga es:
- Cerrar Steam
- Copiar el pirata.exe como juego.exe
- Ejecute el juego.exe
- Cuando se cierre el juego que el versionsteam.exe se copie (reemplazando) el juego.exe
- Abrir Steam (opcional)
Nota: Cambiar "juego.exe" por el nombre que tenga el ejecutable real de ese juego.
Asi siempre que juegues ejejcutando el fichero bat jugaras la version crackeada, con steam cerrado, y cuando cierres el juego se restaura el fichero original de steam, de manera que steam no sabe que lo has jugado con la version pirata y el save es el mismo.
Si no se sincroniza solo automaticamente al abrir steam, te tocaria ejejcutar el juego desde steam (que se ejcjutaria el juego original) y cerrarlo para que steam suba el save a la nube propia de steam.