el sistema del x (también usado en los secret of mana, por ej) es más realista y envolvente, eso de ser un icono sobre un mapa que luego tenga que meterse en un "cubo" que es una cuidad enorme es un poco frío
lo que sí que es cierto es que eso de moverse con la nave y no ver la nave nunca es un muy soso, podrían haber hecho un mapa escalado sobre el que volar libremente y que luego sólo se pudiese atracar en sitios concretos
juegos como ff6 y 7 con un mapa continuo habrían ganado MUCHO en ambientación, sólo hay que currarse un poquito el tema de vehículos
PD.: otro problema del x (que no de sus mapas) es que es MUY lineal, en los seiken cada camino tenía varias salidas y había muchas encrucijadas, en el del X no hay nada, todo recto