Pues poquitos, es un género en el cual la consola no tuvo demasiada suerte. Y además, depende mucho de lo que uno considere RPG o no RPG.
La cosa quedaría más o menos así
Holy Magic Century (Quest 64)
Aidyn Chronicles
Paper Mario
Body Harvest - Es de acción pero con elementos RPG, es raro como el solo
Megaman 64 - Otro de acción con elementos de aventura/RPG
Ogre Battle 64 - RPG/Tactica
Shadowgate 64 - Otro de esos que algunos consideran RPG y otros no...
Si se cuenta el Ocarina como RPG, pues obviamente el Majora's Mask también.
Luego hay algunos que solo salieron en japón
Robot Wars - Otro de Tactics
Robot Ponkotsu 64
Ultraman Battle Colection 64
Zool: Maju Tsukai Densetsu
Fushigi no Dungeon
Y no se si me dejo alguno... quizás. Pero poco más hay.