Que tu mando sea aceptado por la tele no significa que esté programado con el código más cercano al mando original. A veces pasa que con un código las funciones básicas funcionan, pero las más avanzadas no, y con otro código estas funciones se amplian. A veces incluso consigues funcionalidades que no tienes con el mando original
Si tienes una psp1000 había programas para simular un mando a distancia, con las palm y algunos móviles symbian y pdas antiguas se podían usar funciones similares. Aún recuerdo que algunas teles para entrar en el modo servicio necesitabas usar un programita de estos para simular una pulsación de mando que no estaba presente en el original
En cualquier caso como te han dicho, lo mejor son cables de vídeo RGB y si no puede ser S-video o vídeo compuesto. Si no tienes posibilidades de algo como eso puedes conectar un vídeo VHS por euroconector y sintonizar las consolas por su entrada de antena con el propio vídeo.
En cuanto a los cables que mencionas, y ciñiendonos al más básico y barato: NES utiliza unos cables de vídeo standard rca, la SNES N64 y Gamecube utilizan el mismo cable de vídeo que te puedo indicar donde pillarlo por menos de 2 euros. Luego Master system y megadrive dependen de la revisión de la consola pueden utilizar unos u otros cables. No conozco un cable que sirva para todas, pero aunque existiera, no lo recomendaría por los problemas que puedan dar.
Edito: No te olvides de probar con otros mandos de otras teles que tengas por casa, muchos televisores usan un mismo standard philips y aunque sean de distintas marcas y no te lo creas pueden ser compatibles.
Saludos!