Deberías especificar de qué comisión quieres librarte, puesto que no solo hay una. Siempre puedes negociar tus comisiones cara a cara con el director de tu oficina, aunque te escuchará más cuanto más dinero tengas. (en estos lugares, TODO es negociable)
Luego, hasta 100.000 € deberías estar cubierto de cualquier fallida de un banco, es decir, no deberías perder ese dinero (aunque claro, estamos en España!, y ya sabemos lo que pasa por aquí.)
Si tienes más de 100.000€, Banco Santander es una muy buena opción. Tratan muy bien a la gente con pasta y no va a quebrar ni de coña (al menos a 50 años vista), ya que tiene menos de un 10% del negocio establecido en España.
Tener el dinero bajo el colchón es hoy en día una idea no tan mala, ya que el dinero no se revaloriza en un banco como antes, pero nunca está de más tener algo en el banco, por simple comodidad electrónica.