Vamos a ver el hecho de quitar la tapa lateral depende MUCHO de como sea la ventilación de la caja.
Si la caja está bien ventilada, es decir al menos con 1 ventilador frontal y 1 trasero, quitar el lateral suele llevar aumento de temperatura de la placa base ( y a veces de la CPU) ya que cortas el flujo de aire, pero si la caja no tiene la ventilación suficiente es cuando quitas la tapa y baja la temperatura.
Que puede pasar?? pues eso o bien la caja tiene un mal circuito de aire, o no tiene los ventiladores correctos o en su defecto están taponados por la suciedad.
Lo suyo sería que comprobaras cuantos ventiladores tiene la caja, si están funcionando correctamente y luego hacerle una limpieza (no de bajos xD ) al disipador de la CPU y aplicarle pasta térmica nueva, limpiando la anterior, suele ir bien de tanto en tanto, ejeje
salu2.