hola tio, es un problema comun de los novatos, en los que yo me incluyo por mucha carrera que se haga siempre te queda camino por recorrer y algo nuevo que aprender (y me salió un pareado)
mira, lo de los templates solo tienes que ponerlos junto a sus archivos de especificaciones (.h), porque se enlazan automaticamente en tiempo de compilación, y por lo tanto no necesitas más que generarlas/obtenerlas en texto (.h y .template), colocarlas juntas y cuando compiles el codigo que necesite de esos templates marcales con -I el directorio donde las tienes, si es en el mismo pues ya está, no lo pongas y punto.
Respecto a Netbeans... es muy completo pero no lee los templates como código C/C++, solo como texto plano, y por tanto no te lo muestra con el formato típico con colorido y tal, para incluirlos en Netbeans es tan facil como usar "add item..." y arreando.
Espero no haberme equivocado en lo de add item porque ando en Win y el Netbeans lo tengo en Linux
Edit: espero que no seas de la UGR...