Una opción es un "plan de carrera", que suele ser un documento firmado, donde diga que en 1 año te ponen en este cargo. Muchas empresas son reacias porque no se quieren mojar, pero si tienes un perfil con el que puedes optar a un cargo de responsabilidad, supongo que contigo lo harían. Ahí se suelen incluir incrementos salariales también.
Lo de la flexibilidad, en todos mis contratos siempre ha salido el horario (sectores empresa química e instituto de investigación); en el que estoy ahora sale una franja fija y la flexibilidad la marca el convenio de la empresa. Mira a ver cómo va en donde estás ahora. Quizás directamente también se podría poner en el contrato, no sé. O como dice el compi un escrito firmado por la empresa y tu donde se especifique lo de la flexibilidad.