Creo que la duda viene por el famoso brickeo que le ha ocurrido a algunos usuarios del foro. El problema no es por las actualizaciones que hacen los juegos en sí, sino por la diferencia de región de los backups con la consola.
Es decir, si un juego PAL actualiza una consola NTSC y viceversa.
La actualización 3.0 de momento no ha dado problemas de ningún tipo con los chips (salvo el tener que hacer algún malabarismo para poder programar los chips con sus respectivos DVD, problema que creo que ya se está solucionando según comenta otro usuario del foro)
Lo único de lo que debes estar pendiente es de que tus juegos de región diferente a la consola no la actualicen. (para ello hay un programa, que ya se ha comentado en el foro, para evitar que el juego intente actualizar)