Con suse me pasaban cosas así, hasta q descubrí q los archivos q retocaba eran restaurados al reiniciar. ¿El motivo? pues no lo se, porq ni poniendole permisos restrictivos lo conseguia. La solución fué hacerme un script q se ejecuta al arranque y simplemente copiaba los archivos bien configurados machacando los otros.
Ahora uso gentoo y no me ha vuelto a pasar nada así.
PD: Seguramente se tenga q modificar alguna parte interna de configuración de Mandrake, pero no se cual debe ser. En suse tenia el powertweak.