Creo que lo mejor seria es que parchearas las isos, o quizas es que con el Alcohol 120 estes haciendo algo, recuerda que en tipos de datos debes de poner PlayStation.
Para parchear creo que necesitas que las isos esten en formato BIN, para eso has de hacerlas con el Cdrwin, y una vez hecho esto las parcheas con el ppf-o-matic3.
Por cierto antes de grabar la iso, puedes usar el emulador EPSXE, asi si no te fuera en el emulador seguramente tampoco en la consola, con lo que ahorras tirar cds.