Podria ser que el chip (ninguno en particular) el comando que reconoce para empezar a "bombardear" con codigo para que acepte el disco como valido, sea una funcion de arranque del medio, es decir, que comienza a "bombardear" cuando el lector da la orden de empezar a girar, por lo que despues de una pausa en la que el disco llegue a detenerse, al comenzar a girar de nuevo, el chip intentaria autentificar el disco de nuevo provocando el error, supongo que esto seria solucionable si el chip detectara la funcion de detener el disco y la anulara, aunque esto tambien seria una sobrecarga para el lector.
Bueno, esto solo es una idea que se me ha ocurrido, por que creo que podria ser algo de este estilo, aunque los que si lo sabran bien habran sido los programadores de el/los chip/s, que son los que han hecho los codigos para los chips.