Mira te explico como lo hago yo por si te sirve de ayuda.
La Placa Base de mi Barebone Shuttle tiene el XipSet Nforce con lo cual usos el mtkflash y demas programillas adecuados para mi plaka, luego tengo otros mas genericos pero esos no los uso, proceso.
Meto mi pendrive por USB con los arxivos necesarios, mtkflash, kdx42 y el firm 3.0, arranko el Pc, me voy a la bios le digo ke arranke por USB FDD y tal amos lo logico, reinicio el Pc y me arranka desde el pendrive, cuando llega a msdos lo habitual es hacer un cd.. para ke se vaya al raiz del pendrive " ya ke yo normalmente kito todas las unidades ke tengo, grabata, hd y tal por lo tanto me va directo al pendrive, pues bien una vez como te digo en el pendrive pongo cd.. y me va a c:/ y a partir de ahi solo pongo:
1 - mtkflash r /m origin.bin <--- Al finalizar lo normal es ke te diga ke reinicies el Pc, reinicias con Alt Gr, Ctrl y Supr.
Al volver a arrankar mas de lo mismo cd.. y cuando vuelvas a estar en c:/ pone esto:
2 - kdx42 origin.bin xtreme30.bin <--- al finalizar te dira ke ya puedes flashear el lector y en ese momento sin reiniciar ni nada pones esto:
3 - mtkflash w /m xtreme30.bin <--- te flasheara 4 bankos, 0, 1, 2, 3 y trabajo hecho.
Espero ke te haya servido de ayuda, ya me contaras.