Yo empezaría con alguno de los más flojos y fáciles para ver si te gusta la fórmula, que serían Wind Waker y Twilight Princess. Si te convence pues ya sigues con los más clásicos y seguramente mejores, como Ocarina of Time o Majora's Mask. El Skyward Sword tiene cosas buenas y otras muy malas, yo lo evitaría hasta que sepas si te gusta o no la saga.
Y con respecto a los Zelda en 2D, empezaría con el más moderno por el mismo motivo. Son más sencillos y amigables para introducirse a la saga, aunque el plato fuerte esta un par de generaciones mas atrás: Oracle of Ages, Oracle of Season, A Link to the past, Link's Awakening... todos son grandes juegos.