Hombre, no se como se hara, pero yo te recomiendo que hagas como yo y pegues las dos partes, y asi te ahorras problemas.
Que como se hace? muy facil.
Abres el VirtualDub, y le das a Archivo > Abrir avi, y eliges el primer trozo de la peli. Luego vas a Archivo > Abrir Segmento (o algo asi, lo estoy diciendo de cabeza, pues no tengo aqui el virtualdub ) y elijes el segundo trozo. Luego en Procesamiento pones Direct Stream, y por ultimo le das a Guardar como, pones el nombre que quieras y en unos 5min ya tienes pelicula pegada, y en un solo archivo.
Facil no?
Un Saludo