En ese caso, si no has cambiado la ruta donde se guardan los mensajes, tan sólo tienes que copiar el directorio $HOME/.thunderbird (en Linux) o c:\Documents and settings\usuario\Datos de programa\Thunderbird a un CD o lo que quieras, y luego volver a ponerlo en su sitio después del formateo. Con eso conservarás opciones y mensajes del Thunderbird.
Saludos.