Supongo que la tarjeta que dices que va mas lenta no lo es debido a ninguna clase de problema, sino que se puede deber simplemente a la velocidad propia de la misma. Hay un programa llamado crystalmark que te da una medida de la velocidad de cada una. Prueba a formatear ambas en fat32 y pasar ese programa recién formateadas.
Otra cosa que has de comprobar es si son de clase distinta, es decir. Todas las microsd han de llevar un número escrito dentro de un circulito. Las tarjetas de clase 2 son mas lentas que las de 4 que a su vez son mas lentas que las de 6... etc
Un saludo!