Prestashop es muy fácil, no se necesitan conocimientos de programación para nada, ya que la mayoría de cosas que necesitas ya las tiene implementadas. Además existen un montón de módulos gratuitos y otros de pago creados por los propios desarrolladores de Prestashop.
Lo que necesitas de pasarelas de pago, paypal y demás, sin problemas, Prestashop tiene todas esas características que buscas.
Como mucho tendrías que tener algunos conocimientos de CSS para cambiar la plantilla que trae por defecto, pero es que ni eso hace falta. Si no sabes CSS, te compras una plantilla y te dedicas sólo a meter los productos.
Yo sinceramente tiraría de Prestashop, el programarte una tienda está muy bien, pero se te va a ir un dineral y bajo mi punto de vista no merece la pena a no ser que quieras alguna cosa super extraña que no tenga Prestashop.