La primera copia de mi disco duro del MB de 250GB (pero ocupados unos 150GB) tardó unas 4 horas, lo que da menos de un mega por minuto. La del MacMini de 60GB tardo más de dos horas (no se cuanto).
El time machine algunas veces va muy lento durante un rato y luego va más rapido, otras se queda un buen rato indexando o limpiando,... usalo unos dias y despues ya ves si sigue sin ir bien.