Supongo que todo dependerá del modelo y el fabricante del disco duro.
Yo uso TM en un disco duro Western Digital conectado a una base dock USB para discos duros SATA, y la verdad es que a veces si no fuera por el icono dinámico de la barra de herramientas, no sabría que está haciendo TM.
También es cierto (y no sé si os pasará a vosotros con los nuevos portátiles Apple), que cuando intento acceder a un dispositivo USB (incluido el TM), la temperatura de la CPU sube hasta los 80ºC, y eso que hace poco le hice una limpieza de ventilador/disipador y cambio de pasta térmica, pero bueno, supongo que será cosa del Mac.