@Creation hola, si te metes en cada juego en particular, verás algunas indicaciones, por ejemplo:
Con el AxBattler:
https://www.smspower.org/Hacks/AxBattler-GG-GG2SMSEn la primera versión, dice:
"Down Arrow" 2nd controller is START/PAUSE.
Es decir, como la Game Gear tiene botón de Start, y la MS no, hay que poner ese botón en algún sitio, y en este caso es "abajo" en el pad del puerto dos. Pero en el último parche dice:
START is now Autodetection MS/MD pad ( "2P Down" MS Pad or "1P Start" MD Pad )
Es decir, si tienes un pad de MS, tendrás que conectarlo al puerto dos y darle abajo, y en el caso de tener un pad de Megadrive, ya está mapeado con el Start del propio mando de Megadrive.
Imagino que en casi todos los juegos son asi. Recuerda que estas conversiones son para jugarlas con una Master System, y el mando de MS no tiene botón Start, y muchos juegos de Game Gear requieren de apretar Start para poder comenzar el juego, así que hay que buscar una manera de apretarlo.