¿Has probado Smplayer y VLC?
Primero para descartar que sea un problema unicamente de Totem y segundo para que pruebes alguno mejor que Totem (personalmente no me gusta nada, normalmente lo primero que hago al instalar Ubuntu en un PC es instalarte otro reproductor)
También estaría bien que indicases que versión de Ubuntu usas y que gráfica tienes entre otras cosas. Hace tiempo encontré problemas con un portátil con gráfica Intel por que el driver de Intel ponía los videos con muy alto contraste y brillo, se arregló al usar drivers mas actualizados de un PPA que encontré. (son repositorios de terceros, y es la manera de tener algunas versiones de programas y drivers mas actuales, aunque también es arriesgado por que no siempre "lo ultimo" funciona bien)