Aunque TOSEC está incluyendo consolas desde hace un tiempo, mi consejo es que para ellas vayas a No-Intro, dejando TOSEC para ordenadores.
Sobre el que estén o no en un sitio o en otro, ten en cuenta que las ROM pueden venir en varios formatos (.SFC, .SMC, .BIN...) por lo que es posible que el mismo juego tenga más de una ROM. Creo que las GoodTools permitían convertir todas las ROM a un sólo formato, pero no estoy seguro.
También puede pasar que sean hacks, cosa que No-Intro no tiene (ni falta que le hace).
En cualquier caso, creo que la compilación No-Intro es la más completa. Si la tienes entera, ignora TOSEC. Aunque el DAT no las reconozca, seguro que ya las tienes.
Un saludo.