Es muy complicado tener más de 1Gbps por wifi, incluso en condiciones ideales, por mucho que las velocidades teóricas lleven muchos años pasando de esos números.
Igualmente es como dices. Igual que una cadena es tan débil como su eslabón más débil, un tramo de red es tan rápido como su segmento más lento.
Lo suyo es conectar el GPON al primer satélite para que al menos el primero de ellos de ellos funcione a 2.5Gbps (que por cierto casi seguro te tendrían que cambiar la ONT por una con puertos de 2.5gbps, que dudo que sea el caso con la que tienes ahora), porque si lo haces al revés el primer enlace va a ser de 1Gbps y te da igual que el primer y segundo satélite se comuniquen entre ellos a 2.5Gbps si no se va a aprovechar.
Lo suyo si pasara lo que comentas y tienes cables individuales a cada satélite, es poner un router de 2.5Gbps (que son caros) y así eliminar el cuello de botella.
Saludos