No deberías tener ningún problema. Cuando la transferencia haya terminado los datos de la tarjeta SD antigua deberían funcionar sin problemas en la consola que ha recibido los datos de la otra consola. Eso incluye la partida guardada de tu AC:NL digital.
No te deja hacer copia de seguridad de los datos del AC como decías porque los datos de guardados del AC están protegidos (AC:NL no permite cargar una partida guardada más antigua o distinta que la que se guardó por última vez) . La única manera de hacer la copia de seguridad es de manera manual, copiándolo al ordenador o borrando el juego desde ajustes de la consola, y entonces es cuando te preguntará si quieres hacer copia de seguridad de la partida guardada del AC:NL.
Por otro lado no hace falta que hagas copia de seguridad, si acaso copia todo el contenido de la SD en el ordenador por si acaso y listo.
