Yo he hecho este pasado fin de semana una transferencia de una 3DS XL a otra (la segunda vez que hago esto), y las partidas salvadas por supuesto que se pasan, y sin hacer nada.
Al terminar la transferencia, simplemente pasa tu SD a la nueva consola (ya que la de ésta quedará formateada), y ya está. Por transferir, hasta transfiere el menú tal y como lo tenias, con sus carpetas e iconos en el mismo orden, y hasta el código amigo con tus contactos, etc.
Es de las pocas cosas que Nintendo ha hecho bien con este sistema, otras cosas como el limite de 5 usos lo empobrecen.