¿Hace poco que instalaste el sistema operativo en ese disco duro de 2 TB?¿Que windows es?
Como te dicen los compañeros al tener una partición de 2TB para el sistema operativo no vas a poner clonar esa partición a tu nuevo disco duro de 240gb, porque este tipo de software clonan la partición entera.
Yo que tu haría lo siguiente:
Desconectar el disco duro de 2Tb que tienes ahora conectado al SATA0 y conectar en su lugar el SSD de 240 gb que has comprado. Instalar desde cero el sistema operativo y así no arrastrar archivos basura del viejo equipo. Instala drivers y tus programas favoritos etc....
Cuando tengas todo a tu gusto. Conectas tu viejo disco duro de 2Tb al puerto SATA1 y salvas todos los archivos que te interesen, cuando lo tengas todo a salvo lo formateas y lo dejas como secundario para datos.
Vamos es lo conveniente cuando pasas de un disco mecánico a un SSD para conseguir velocidad y no quieres arrastras archivos viejos del antiguo windows que hace que valla lento en la carga del sistema operativo.
Yo cuando cambie de mecánico a SSD primero hice lo de la clonacion, pero me iba lento. Pero fue hacer una instalación desde 0 y ir como un rallo.