Si esto va como era en la 3DS, si vas a pasar los datos de una consola A a una B, la B queda totalmente borrada y reemplazada por lo que tenga la A. Quedaría así, SI A tiene los datos 123456 y B tiene los datos abc, la B no va a quedar con 123456abc, va a quedar con 123456 y la A quedaría totalmente vacía.
En fin, que cuando haces esa transferencia no solo pasas un usuario, pasas los datos ENTEROS de la consola