El problema que se te plantea es que NO se puede conectar una GBA con una GB. El cable no es compatible.
Lo único que puedes hacer es buscar algún accesorio tipo action replay para GB que se pudiera conectar al PC por LPT o COM1 (USB no creo ni que exista, por la antiguedad).
No he probado a meter juegos de GB en la DS y con las utilidades de GBA probar, pero creo que tampoco funcionaría (la DS no es compatible con juegos de GB).
En fin, que creo que lo tienes mal. Yo también estaba interesado en este tema, pero hace tiempo que tiré la toalla al encontrar un problema sin solución tras otro.
Siento no poder ayudarte. De todas formas, te animo a seguir probando cosas. Y si encuentras algo, creo que más de uno te agradecería el tuto.
Un saludo.