¿La imagen guardada muestra la transparencia? No me refiero en el dock sino usando otro visor de imágenes.
Hay distintos formas (muchas, por cierto) de guardar una imagen en png y algunas no soportan transparencia. Desconozco el tratamiento que da el dock a los iconos pero lo que podrías hacer es coger un png que sí funcione y ver sus propiedades para basarte en ellas (profundidad de color, entrelazado y no te olvides, al guardarlo de activar la transparencia).
Otra forma fácil es trabajar sobre un png que sepas que funcione; lo abres, lo borras (me refiero a la imagen, no al archivo), pones en el la figura o motivo que quieras y lo guardas manteniendo el mismo formato.
Un saludo