Hola, desde Madrid la unica opcion que tienes para Málaga es:
Tren: solo tienes la opcion de AVE, no existe otro tren a Málaga desde Madrid.
Bus: Daybus por experiencia que me he comido unos cuantos trayectos es una pesadilla. 6 horas de autobus con parada en Jaen.
Avion: si pillas algun oferton de estos puede que te salga bien.
La mejor de todas y por la diferencia que dices AVE, en 2:35 min te plantas en el centro de Málaga.
Saludos