Para estos discos, tienes que mantener una sola partición, y en formato fat, para que pueda leer/escribir.
Para la wii, se graban en formato wbfs, es decir, en una carpeta wbfs desde la raiz. Haz la prueba con usb loader cfg, enchufas el disco duro, metes un juego, pulsas + , y te lo copia al disco duro, y si pasa de 4GB, lo parte en varios.
Si quieres seguir con uloader, grabalos en CISO, para que no ocupen tanto.
Los iomega no se como van, pero el reproductor wiimc le da mil vueltas a mi energy sistem.