No hay una manera segura de hacerlo. Depende del diseño del programa. Hay múltiples opciones de almacenamiento de configuración (c:\users, la carpeta de instalación del programa, el registro de windows...). Las DLLs que se instalan en la carpeta c:\windows (normalmente) no las puedes copiar...
Si quieres restaurar la configuración, la única opción segura es instalar el programa de nuevo, buscar el fichero de configuracion y copiarlo; para aquellas configuraciones que se guarden en el registro, me temo que la tarea no es sencilla. No conozco una forma trivial de cargar el registro de un equipo que que has arrancado.
Saludos.