Puedes tener las dos cuentas en la Switch, la nueva y la vieja, no pasa nada.
Puedes usar la cuenta nueva con las partidas ya avanzadas, usar la cuenta vieja con los juegos ya comprados, y una vez que pongas la cuenta antigua con sus juegos, vas a poder usar esos juegos originales en cualquiera de las cuentas.
Las cuentas funcionan como en cualquier otra consola, no suele haber problema.