1º Hay un par de particiones que no se usan y que creo que se puede formatear y darles uso, busca por ahí porque yo no sé bien cómo. Las demás particiones no sé.
2º ¿Seguro que caben las tres? O a lo mejor es que tienes algún límite de transferencia en el servidor (xbox) o cliente (pc) ftp...
3º El emulador tienes que descomprimirlo, pero las roms no; en formato zip dentro de la carpet roms.