Yo trimeo con la herramienta Game Manager de los M3 de slot 1, y todo me ha funcionado siempre correctamente.
Siempre comprimo los juegos, en algunos la verdad es que se nota bastante, recuerdo la version japo del Pokemon Diamante que pasaba de 128MB a la mitad, unos 60.
El tema es que los cartuchos que tienen los fabricantes son de 8, 16, 32, 64, 128, 256MB; si un juego pesa por ejemplo 135MB no entra en un chartucho de 128 y lo meten en uno de 256.
Y la verdad es que nunca he notado diferencias de rendimiento, trimeo todos mis juegos, pero me funcionan igual que sin trim.