El uso del SC Lite es el mismo que al de los otros SC, lo único que tienes que asegurarte es de no usar otro software de parcheo que no sea el de la SC Lite. Me explico, para la versión SD y MiniSD el parcheador es el mismo, pero para la versión Lite no, tienes que usar el propio de la SC Lite, si no me temo que no funcionarán, al menos es creo.
Para el homebrew, si no te funciona normal y corriente puedes probar a parchearlo con el parcheador del moonshell, así conseguí que funcionase el MegaETK, DSOrganize, Moonshell y el ScummVM.
Dicho parcheador para homebrew lo tienes dentro del RAR donde te viene el parcheador para backups NDS/GBA y la actualización de firmware de la propia supercard.
Salu2!