Buenas,
acabo de actualizar en enlace, no sabía que había cambiado el enlace a la web oficial.
El MK4 es distinto a como lo eran el MK3 y el MK2, ahora es un PassKey, es decir, que solo sirve de llave para arrancar aplicaciones NDS desde cartuchos flash en la ranura de GBA y para poder ejecutar el MK2 y el MK3 en las nuevas versiones de NDS (Azul, Rosa, Lite,...), y no lleva ranura para tarjetas de memoria.
Quizás en el futuro saquen alguna versión que la incorpore.
Por eso la compatibilidad con Moonshell no depende del MK4 sino del cartucho flash que utilices desde la ranura GBA.
Saludos.
PD: Gracias por el apoyo, gurrumino