Con Layton no vas a tener ningun problema. Ni si quiera necesitas cambiar la extensión. Pero no sé si eso puede extenderse a todos los juegos de un jugador. Supongo que un buen indicador puede ser jugar en .3ds y probar. Si te capan las funciones en línea, ya sabes que necesitas ponerle una cabecera y pasarlo a .3dz
En cuanto al juego de pokemon, la cabecera ha sido la del SFIV, pero modificada a los valores indicados, ya que la corrección que hacía el Rom patcher v.1 daba lugar a que los datos del juego se tomaran como corruptos Sin embargo, esto no siempre es así. Puede funcionarte un juego al incorporar la cabecera sin modificarla. Hay que ir probando.