Aquí te paso esto que léi en un página de internet, es como crear los EBOOT de juegos con más de dos discos, usando el Pogui1.7.2. Espero que sea util para ti.
El funcionamiento es muy sencillo e intuitivo como podemos ver. Arriba del todo, deberemos poner la ruta de nuestra imagen .BIN. Para ello pulsamos sobre el boton Examinar y buscamos el archivo RE2_1.bin en nuestro disco duro.
Despues, deberemos fijarnos en donde pone "SAVEID:". Aqui debemos tener en cuenta que, si nuestro juego posee mas de 1 CD, sera necesario tener la misma ID para las dos imagenes .BIN, ya que en caso contrario, no podremos tener acceso a la partida guardada. Esto lo suele hacer el programa automaticamente, pero nosotros nos curamos en salud y copiamos el SAVEID y lo guardamos en un archivo de texto. De esta manera, nos aseguraremos, a la hora de convertir nuestro segundo CD, de que los dos poseen la misa SAVEID. Este no puede ser nunca mayor de 9 caracteres.
Debajo de la ID, tenemos el nombre. Este nombre sera el que aparezca, por ejemplo, en el nombre de nuestras partidas salvadas. Yo le he puesto Residen Evil 2.
Hecho esto, pulsamos sobre "Generar EBOOT" y esperamos a que termine el proceso
Espero te sirva de guia.
P.D. Por cierto, debees reemplazar el EBOOT del 1er CD con el EBOOT del 2do CD. Lo que se mantiene en realidad es la partida guardada que está en otra carpeta.