Yo lo hice similar. No copié la partida directamente desde emunand a sysnand con TegraExplorer. Lo que hice fue desde emunand copiar la partida a la SD con GoldLeaf, copiarme la partida al PC y después con TegraExplorer montar la sysnand como unidad extraíble y copiar la partida.
En este video se hace todo de forma más resumida desde TegraExplorer. No es un proceso que recomiende a todo el mundo ya que es delicado y si no se sabe bien lo que se toca puedes liarla. Eso si, es efectivo, ya que en mi caso copié la partida de Animal Crossing de emunand a sysnand y he estado durante meses jugando online en sysnand sin baneo. Por supuesto mi partida de Animal Crossing nunca la edité para añadir objetos, ni usé cheats ni cosas por el estilo.