Si se puede, pero es un poco lio...
1. Tienes que cortar el cable JTAG que usarias para programar un coolrunner del TX, y soldarlo al squirt en los pads que hay debajo.
2. Convertir el svf del squirt a xsvf para que se lo trague el J-Runner, yo uso BPv3.XSVFPlayer, y dentro de este la utilidad SVF2XSVF
3. Una vez tengas generado el archivo xsvf vas al jrunner>advanced>custom CR/Nand functions, seleccionas xsvf y el archivo de origen.
Lo va a escribir identificando al chip como xilink y ya esta, doy fe de que funciona porque he hecho unos cuantos así.