Puedes actualizar sin miedo.
Yo te recomendaría no quitar el homebrew pase lo que pase, porque hace tu wii más segura, aunque no lo uses.
Lo que yo haría es meter cIOS desde HBC (los de Hermes, al menos) y después parchear los IOS36 y 80 con PMW.
Finalmente metes bootmii y haces una copia de la NAND para evitar bricks.